Jalur 1 A
- Candi Prambanan
- Bandar Udara Adisutjipto
- Jembatan Layang Janti
- Ambarrukmo Plaza
- UIN Sunan Kalijaga
- Saphir Square
- Bioskop XXI, Jl. Solo
- Rumah Sakit Bethesda, Toko Buku Gramedia, Hotel Novotel
- Hotel Santika, Pizza Hut Tugu Jogja
- Kantor Kedaulatan Rakyat
- Stasiun Tugu Jogjakarta
- Jalan Malioboro (ada 3 buah halte)
- Kantor Pos Besar, Kraton, Alun-Alun Utara, Monumen 1 Maret, Benteng Vredeburg
- Taman Pintar, Taman Parkir Bank Indonesia, Pasar Beringhardjo, Gondomanan
- Pasar Sentul (Jl. Taman Siswa)
- Taman Makan Pahlawan Kusumanegara
- Balaikota Jogjakarta
- Kebun Binatang Gembira Loka
- Jogja Expo Center
- Jembatan Janti (kembali ke arah Kalasan, Bandar Udara Adisutjipto sampai Terminal Prambanan)
Trans Jogja Jalur 1B
- Terminal Prambanan
- Kalasan
- Bandara Adisucipto
- Maguwoharjo
- Janti (lewat bawah)
- Blok O
- JEC
- Babadan Gedongkuning
- Gembira Loka
- SGM
- Pasar Sentul
- Gondomanan
- Kantor Pos Besar
- RS.PKU Muhammadiyah
- Pasar Kembang
- Badran
- Bundaran SAMSAT
- Pingit
- Tugu
- Gramedia
- Bundaran UGM
- Colombo
- Demangan
- UIN Sunan Kalijaga
- Janti
- Maguwoharjo
- Bandra Adisucipto
- Kalasan
- Terminal Prambanan.
Trans Jogja Jalur 2A
- Terminal Jombor
- Monjali
- Tugu
- Stasiun Tugu
- Malioboro
- Kantor Pos Besar
- Gondomanan
- Jokteng Wetan
- Tungkak
- Gambiran
- Basen
- Rejowinangun
- Babadan Gedongkuning
- Gembira Loka
- SGM
- Cendana
- Mandala Krida
- Gayam
- Flyover Lempuyangan
- Kridosono
- Duta Wacana
- Galeria
- Gramedia
- Bunderan UGM
- Colombo
- Terminal Condongcatur
- Kentungan
- Monjali
- Terminal Jombor
Trans Jogja Jalur 2B
- Terminal Jombor
- Monjali
- Kentungan
- Terminal Condong Catur
- Colombo
- Bundaran UGM
- Gramedia
- Kridosono
- Duta Wacana
- Fly-over Lempuyangan
- Gayam
- Mandala Krida
- Cendana
- SGM
- Gembiraloka
- Babadan Gedongkuning
- Rejowinangun
- Basen
- Tungkak
- Joktengwetan
- Gondomanan
- Kantor Pos Besar
- RS PKU Muhammadiyah
- Ngabean
- Wirobrajan
- BPK
- Badran
- Bundaran SAMSAT
- Pingit
- Tugu
- Monjali
- Terminal Jombor.
Trans Jogja Jalur 3A
- Terminal Giwangan
- Tegalgendu
- HS-Silver
- Jl. Nyi Pembayun
- Pegadaian Kotagede
- Basen
- Rejowinangun
- Babadan Gedongkuning
- JEC
- Blok O
- Janti (lewat atas)
- Janti
- Maguwoharjo
- Bandara ADISUCIPTO
- Maguwoharjo
- Ringroad Utara
- Terminal Condongcatur
- Kentungan
- MM UGM
- MirotaKampus
- Gondolayu
- Tugu
- Pingit
- Bundaran SAMSAT
- Badran
- PasarKembang
- Stasiun TUGU
- Malioboro
- Kantor Pos Besar
- RS PKU Muhammadiyah
- Ngabean
- Jokteng Kulon
- Plengkung Gading
- Jokteng Wetan
- Tungkak
- Wirosaban
- Tegalgendu
- Terminal Giwangan.
Trans Jogja Jalur 3B
- Terminal Giwangan
- Tegalgendu
- Wirosaban
- Tungkak
- Jokteng Wetan
- Plengkung Gading
- JoktengKulon
- Ngabean
- RS PKU Muhammadiyah
- Pasar Kembang
- Badran
- Bundaran SAMSAT
- Pingit
- Tugu
- Gondolayu
- Mirota Kampus
- MM UGM
- Kentungan
- Terminal Condong Catur
- Ringroad Utara
- Maguwoharjo
- Bandara Adisucipto
- Maguwoharjo
- JANTI (lewat bawah)
- Blok O
- JEC
- Babadan Gedongkuning
- Rejowinangun
- S3. Basen
- Pegadaian Kotagede
- Jl.Nyi Pembayun
- HS-Silver
- Tegalgendu
- Terminal Giwangan.
Trans Jogja Jalur 4A
- Terminal Giwangan
- SMK Muhammadiyah 3
- Museum Biologi UGM
- Hayam Wuruk
- SMPN 5
- Puro Pakualaman
- Taman Siswa
- Universitas Ahmad Dahlan
- Terminal Giwangan.
Trans Jogja Jalur 4B
- Terminal Giwangan
- SMK Muhammadiyah 3
- Kusumanegara 3
- SGM
- STPMD 1
- UIN Sunan Kalijaga 1
- Gedung Wanita
- LPP
- Sudirman 1
- SMPN 5
- AA YKPN
- De Britto
- UIN Sunan Kalijaga 2
- STPMD 2
- SMKN 5
- Kusumanegara 4
- Pasar Seni
- Universitas Ahmad Dahlan
- Terminal Giwangan
